姿勢やフォームに気をつけてスクワットをしているのに腰が痛くなる原因は？

骨に異常がないならしばらく安静にしておけば痛みは治まるでしょうが、痛みが起こる原因をきちんと改善しておかないとまた痛みが再発する可能性があります。
スクワットをすると腰が痛くなるという場合、「スクワットのやり方」の問題が考えられます。

特に多いのが、
・姿勢（背筋を伸ばす、腰を反らないようにするなど）
・しゃがみ方（股関節から曲げて、膝はつま先よりも前に出ないようにするなど）
といったいろいろなことを意識させるようなフォームの指導です。

フォームというのは見た目の話です。
エクササイズで大切なことはフォームという見た目ではなく「適切な手順で体を使うこと」です。

トレーニングではほぼ全員にスクワットはやってもらいますが、その時にアドバイスするのは「しゃがむ手順」だけです。
適切なやり方で行えば腰ばかりに大きなストレスがかかって痛みが起きるようなこともありません。

股関節から曲げても膝から曲げても深くしゃがもうとするとやりにくくなります。
しゃがむ時には「足首から緩める」と膝・股関節も緩んでスムーズにしゃがむことができます。
その時に姿勢なんて特別意識しなくてもバーベルを後ろに担いだり、ダンベルを持って行えばバランスを崩さないように自然に体幹を固める意識も生まれ背中は自然な真っ直ぐになります。

しゃがむ深さも最初から決めておかなくてもアップでスムーズにしゃがむことを繰り返しやっていれば徐々にしゃがめる深さも大きくなり、それなりの重さをかけても楽に深くしゃがめるようになります。

楽に、スムーズにやればそうなる動きをわざわざ意識してやらせれば余計な緊張が生まれるだけです。
自然な動きをやらせれば求める形は自然とできるものです。